S.T.A.L.K.E.R. 2 Heart of Chernobyl cuenta con un sinfín de personajes y NPCs que encontraremos en la Zona y sus alrededores, algunos de los cuales son importantes par el desarrollo de la historia. Recordemos que la Zona es como denominan a la región postapocalíptica creada por el segundo desastre nuclear de Chernóbil en 2006. Entre ellos se encuentran los siguientes:
Skif
Es el protagonista del juego y un stalker, un aventurero que explora la Zona en busca de artefactos y misterios. Skif se ve involucrado en una conspiración que podría cambiar el destino de la humanidad y de la propia Zona.
Strider
Uno de los personajes recurrentes en la saga S.T.A.L.K.E.R. Es el líder de un grupo de stalkers, los aventureros que exploran la Zona en busca de artefactos y misterios. Strider es un hombre de pocas palabras, pero de gran valor y lealtad. Tiene una cicatriz en el rostro que le da un aspecto intimidante. Debutó en el juego S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky, donde era un miembro de la facción de los Monolith, un grupo de fanáticos religiosos que adoran a la Conciencia C, una entidad misteriosa que controla la Zona. Strider y su escuadrón fueron enviados a eliminar a Strelok, el protagonista del primer juego, pero fracasaron en su misión. Strider fue el único superviviente de su equipo, pero perdió la memoria y quedó atrapado en el centro de la Zona.
En el juego S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat, Strider reaparece como un personaje secundario. El jugador puede encontrarlo en el Hospital de Prípiat, donde se refugia junto a otros stalkers que han escapado del control de la Conciencia C. Strider le pide al jugador que le ayude a encontrar a sus antiguos compañeros, que también han perdido la memoria y se han dispersado por la Zona. Si el jugador acepta, podrá reclutar a Strider y a su escuadrón para que se unan a la facción de los Libertad, un grupo de rebeldes y anarquistas que se dedican a explorar la Zona sin restricciones ni límites.
En el juego S.T.A.L.K.E.R. 2: Heart of Chornobyl, Strider vuelve a ser un personaje importante.
Bailarín
Es un stalker que vive en Chernóbil-2, una ciudad cerca de Prípiat. Bailarín es un experto en el uso de las anomalías, las zonas de energía que pueden dañar o beneficiar a quien se acerque. Bailarín tiene una personalidad alegre y optimista, y le gusta bailar en su tiempo libre.
Tarakan
Es un stalker que pertenece a la facción de los Bandidos, un grupo de criminales que se dedican al robo, la extorsión y el contrabando en la Zona. Tarakan es un líder carismático y astuto, que sabe cómo manipular a los demás para conseguir sus objetivos. Tarakan tiene una rivalidad con Skif, ya que ambos buscan el mismo artefacto.
Kovalski
Es un stalker que pertenece a la facción de los Deber, un grupo de soldados y veteranos que se dedican a proteger la Zona de las amenazas externas e internas. Kovalski es un hombre de honor y disciplina, que respeta las normas y las jerarquías. Kovalski tiene una amistad con Skif, ya que ambos se conocieron en el pasado.
Katya
Es una stalker que pertenece a la facción de los Libertad, un grupo de rebeldes y anarquistas que se dedican a explorar la Zona sin restricciones ni límites. Katya es una mujer valiente y curiosa, que le gusta descubrir nuevos lugares y secretos. Katya tiene una atracción por Skif, ya que ambos comparten su pasión por la aventura.