El juego ha variado ligeramente con respecto a la primera parte, y ahora ofrece más opciones de puzle. Mientras que en Q.U.B.E los colores de las plataformas estaba ya predefinidos y teníamos que utilizar lo que el juego quería, aquí tenemos la opción de cambiar los colores de cada opción. Por colores, hablamos de las opciones de cada plataforma, con el azul para saltar sobre ellos, el naranja para crear una plataforma, y el verde para generar cubos.
Este pequeño cambio añade más complejidad al desarrollo, lo que complica ligeramente los puzles y los hace más atractivos y nos hacen pensar un poco más.
El sistema de control es el de cualquier juego en primera persona excepto en los botones, que utiliza cuatro en consola (en PC es algo más sencillo por el ratón), y este sistema no funciona del todo bien al haber querido añadirle más opciones a las que ya teníamos en la primera parte. Es un sistema sencillo, ya que utiliza un botón para activar el tipo de plataforma (L2), y el otro botón para activarla (R2), y luego utiliza los L1 y R1 para seleccionar el tipo que queremos. Algo tan simple nos hace pensar en ocasiones qué queremos hacer, puesto que hay un tipo de color (el azul, para saltar) que no tiene R2. Podría haberse simplificado un poco utilizando otro esquema de control.