Como mecánica de juego base, Mario Vs. Donkey Kong apuesta por una mezcla de puzle y plataformas 2D, con más peso en la primera parte; así, nosotros controlaremos a Mario mientras intenta superar distintos retos, enemigos y peligros para llegar hasta los valiosos juguetes de
Mini Mario. Usar llaves, distintos tipos de artilugios como muelles o lianas, activar interruptores que hacen aparecer (o desaparecer) bloques de determinado color... Tendremos que tener las neuronas bien enfocadas en cómo llegar a cada meta, ya que aquí la solución de desafíos es mucho más importante que la habilidad, y si nos está costando demasiado realizar algún tipo de salto o acción es que seguramente no es la mejor solución para el puzle.
A las fases habituales hay que sumarle unas especiales al final de cada mundo en el que tendremos que guiar a los
Mini-Marios hasta la salida (quizá la más divertida y original, aunque a veces pueda ser un poco frustrante que los juguetes no respondan como queremos), y un desafío de batalla contra
Donkey Kong (probablemente el aspecto más flojo y menos inspirado del desarrollo). Y claro, tenemos regalos especiales y extras para completar cada fase al 100%, algo que dispara la rejugabilidad, muy necesario teniendo en cuenta la duración del juego y su precio de lanzamiento.