En Etrian Odyssey Nexus encontraremos hasta 20 NPCs o personajes no jugables con los que interactuaremos de diversas formas. Como ocurre en anteriores entregas del juego, a la hora de explorar las mazmorras y calabozos no encontraremos a ninguno de estos personajes, por lo que todos ellos estarán en la base del juego, la ciudad de Maginia, donde equiparemos a nuestros personajes, crearemos a nuevos miembros, compraremos y vendremos, y aceptaremos y entregaremos misiones.