Ocho son los protagonistas de Zanki Zero: Last Beginning cuyo cometido es realmente importante al ser intentar repoblar una Tierra devastada y en ruinas. En el juego, los personajes morirán con facilidad, no porque el juego sea difícil sino porque existe un ciclo de vida realmente rápido donde cada personaje nace y muere en cuestión de 13 días. De esta forma, veremos a nuestros protagonistas en sus distintas etapas de la vida, y en cada una de las etapas tendrán un tipo de acciones y habilidades concretas. Esto quiere decir que, por ejemplo, a nivel de ataque cualquier protagonista joven tendrá más probabilidades de realizar muchos ataques rápidos seguidos, mientras que los ataques de carga o más poderosos podrán realizarlos aquellos con mayor edad.
Cuando el HP (Health Point o Puntos de vida) de un personaje llegue a cero morirá. Si los miembros sobrevivientes no siguen los procedimientos adecuados, no podrán revivirlos. A través del sistema "Extender Machine" (Máquina Extensora), puede usar puntos con un sistema de "puntuación" para crear un clon de un personaje que murió, y éste tendrá su misma memoria y habilidades, e incluso puede que hasta más potente. También puedes jugar minijuegos.
Estos son los ocho protagonistas de Zanki Zero: Last Beginning:
Haruto Higurashi
Doblador japonés: Toshiyuki Toyonaga
Trabajo antes de la extinción: Editor
Pecado: Pereza
Un hombre serio y directo. Es demasiado serio y le falta flexibilidad. Quiere proteger a las personas con artículos veraces.
Ryo Mikajime
Doblador japonés: Toshihiko Seki
Trabajo antes de la extinción: Artista
Pecado: Envidia
Un humor alegre y sociable. Si bien puede parecer superficial a primera vista, es sencillo y le gusta a todos.
Zen Kubota
Doblador japonés: Mitsuki Saiga
Trabajo antes de la extinción: Granjero
Pecado: Ira
Un hombre que trabaja como granjero en lo profundo de las montañas, y sabe más sobre la supervivencia que los demás. Al contrario de su aspecto encantador, es un cínico y a menudo se burla de las personas.
Mamoru Ichiyo
Doblador japonés: Hiroaki Hirata y Masaya Matsukaze (en su estapa de niño)
Trabajo antes de la extinción: Doctor
Pecado: Avaricia
Un doctor con mucha fuerza física y musculoso. Es intelectual, tranquilo y caballeroso. Tiene la costumbre de decir "amor" a todos con los que habla.
Rinko Susukino
Dobladora japonesa: Haruka Yoshimura
Trabajo antes de la extinción: Florista
Pecado: Lujuria
Una mujer que trabaja como florista. Ella es amable y trabajadora, pero también puede ser una cabeza hueca. Ella también es un poco cautelosa.
Yuma Mashiro
Dobladora japonesa: Ayana Taketatsu
Trabajo antes de la extinción: Heredera
Pecado: Gula
La única hija del jefe de una gran compañía. Es una persona muy rica y escurridiza con una actitud fría que hace las cosas a su propio ritmo.
Minamo Setiouchi
Dobladora japonesa: Rika Tachibana
Trabajo antes de la extinción: Oficial
Pecado: Orgullo
Una mujer policía alegre, orientada a la familia. Tiene un fuerte sentido de la justicia y personalidad clara. También puede ser un poco entrometida.
Sachika Hirasaka
Pecado: Chica del pecado original
Dobladora japonesa: Aina Suzuki
Una niña ingenua con sed de conocimiento y llena de curiosidad. Debido a su tono inocente, ella emite una impresión más joven de lo que parece.
Aparte de los ocho protagonistas, el juego cuenta con una isla base donde comenzaremos nuestras misiones conocida como
Junk Island (Isla Vertedero o Isla Basura), y aquí podremos ver un curioso programa de televisión que tiene lugar en un televisor antiguo donde se nos contará parte de la historia y donde se pretende explicarnos los conceptos de supervivencia básicos que deberemos aprender. En este televisor, veremos el programa
Extend TV y los dos presentadores del mismo son:
Sho Terashima
Doblador japonés: Ryusei Nakao
Asistente en el programa de televisión de anime "Extender TV", que guía a los ocho personajes en la supervivencia. Su papel es el hombre gracioso.
Mirai
Dobladora japonesa: Masako Nozawa
El MC (presentador) en el programa de televisión anime "Extender TV", que guía a los ocho personajes en la supervivencia. Es una oveja de género masculino y heterosexual.