La versión para 3DS versión ofrece nuevas características, además de todos los niveles del juego original:
- Los nuevos niveles están protagonizados por Poochy, el fiel amigo de Yoshi: los jugadores deberán hacer que Poochy salte en el momento justo para recoger todas las cuentas y Poochitos en el camino hacia la meta.
- Los Poochitos son unos simpáticos ayudantes que
acompañarán a Yoshi en su aventura se pondrán a saltar en lugares sospechosos para indicar a los jugadores la presencia de secretos y objetos coleccionables.
- Nintendo y
el estudio japonés de animación en stop motionDwarf están colaborando en la creación de 30 cortos animados protagonizados por Yoshi y Poochy que se incluirán en el juego para Nintendo 3DS.
- Una figura amiibo de Poochy de punto estará disponible al mismo tiempo que el juego.
- Todo apunta a que no habrá modo 2 jugadores (a diferencia del modo original de Wii U), ni local ni online.