En la hermosa isla donde residen los Yoshis hay una cima muy elevado donde se halla el conocido como Sol de los deseos, que lo inunda todo con su brillo. Dicho sol posee un insólito poder: el de hacer los sueños realidad. La vida transcurre pacíficamente en la isla de los Yoshis, hasta que un buen día...
Rumores sobre el sol de los deseos llegan a oídos de Bebé Bowser y Kamek, que deciden poner rumbo a la isla e intentar llevarse el sol con ellos. Con su varita mágica intentar llevare el sol, pero los yoshis saltan sobre el mismo en un intento por evitar que se lo lleve, así que Kamek hace un último intento y tira con todas sus fuerzas de la varita, consiguiendo que todos salgan despedidos incluyendo el sol, así como las gemas de colores en su interior que quedan repartidas por todo el mundo.
Ahora, los yoshis deben intentar buscar las gemas y rescatarlas para volverlas a colocar en el sol de los deseos nuevamente.