En el mundo de Valkyrie Drive, un grupo de chicas han sido infectadas con el misterioso Armed Virus, de manera que se convierten en Extars ?que se transforman en poderosísimas armas cuando se excitan?, o en Liberators ?quienes tras desencadenar una transformación, tienen el poder de hacer uso de las Extars como armas para enfrentarse a montones de enemigos.
La historia de Valkyrie Drive: Bhikkhuni arranca cuando un misterioso virus afecta a la mayor parte de las chicas del planeta, a mujeres adolescentes y jóvenes hasta los
ventitantos. Cuando el virus toma a su
presa, la convierte en un arma mortal.
Los científicos que están investigando el virus lo han clasificado en dos tipos, el
Virus-A, que parece intratable, y el
Virus-V, que es si lo es. La alianza de gobiernos mundiales decide proteger a las chicas infectadas por el virus creando islas artificiales, y mandándolas allí para mantenerlas a salvo.
En una de ellas, Bhikkhuni, aparece una academia que garantiza que las chicas que se apunten conseguirán superar la influencia del virus. ¿Cómo? Luchando entre sí y llegando a controlar su poder.
La trama gira en torno a dos hermanas, la inocente
Rinka Kagurazaka (que posee una gran fuerza interior detrás de su apariencia frágil y amable), y
Ranka Kagurazaka, su hermana, mucho más cariñosa y social. Mientras una tiene el poder
Exster - la habilidad de convertirse en un arma - la otra es una
Liberator, capaz de controlar el poder de la transformación, el
Drive.