Historia de Sword Art Online: Fatal Bullet

Invitado por un amigo de la infancia, Kureha, el protagonista iniciará sesión en un mundo de armas a través del juego Gun Gale Online. Inesperadamente, obtiene ArFA-Sys, una IA de soporte para jugadores recientemente implementada, y se encuentra con Kirito, quien solicita su ayuda para conquistar la mazmorra adicional de la nave espacial SBC Flügel. El protagonista tiene que recoger todas las partes clave "ArFA-Sys" y cumplir los requisitos de SBC Flügel antes de dirigirse a la nave espacial.

En medio de la aventura, se encuentran con varios personajes como Bazalt Joe, un jugador talentoso, Zeliska , también llamada la Reina Uncrowned, que tiene el mismo Typ-X ArFA-Sys y el famoso líder del Escuadrón Itsuki, quien se une al grupo. Bazalt Joe tiene una obsesión por el Arfa-Sys del protagonista que le gustaría tener. Para lograr su objetivo, reta al protagonista varias veces. Al tratar con Bazalt Joe, el protagonista continúa progresando en la conquista y finalmente llega a la puerta de SBC Flügel.

El desafío SBC Flügel está disponible pero todos quieren tomarlo. Para decidir los ganadores, el grupo juega rock-paper-scissors. ¡El protagonista, Kirito, Kureha y ArFA-Sys ganan el derecho de desafiar la puerta!