Para Super Mario Maker, Nintendo también lanzará dos figuras amiibo especiales, una de las cuales estará incluida en un pack de edición especial conmemorativo del 30 aniversario del juego Super Mario Bros. original. Estos dos amiibo permitirán que se haga grande o rompa bloques desde cualquier dirección. Con estos amiibo también podrás añadir un filtro visual retro al juego que recuerde a las televisiones de rayos catódicos. Además, muchos otros amiibo serán compatibles con Super Mario Maker. Estos amiibo te desbloquearán al Champiñón Misterioso, que permitirá a Mario adoptar la apariencia de otros personajes icónicos de los videojuegos como Link, Kirby o la Entrenadora de Wii Fit, además de incluir sus animaciones y efectos de sonido específicos. Sin embargo, también podrás desbloquear esta opción completando el modo 100 Mario Challenge.