En el modo Comandantes aliados, los jugadores asumirán el papel de comandantes legendarios de StarCraft y harán equipo para derrotar a las huestes enemigas en una serie de misiones basadas en objetivos. Sus comandantes subirán de nivel a medida que progresen.
Cada comandante tiene un estilo de juego distinto y habilidades devastadoras, así como nuevos poderes cooperativos exclusivos para el modo Comandantes aliados. Se desbloquearán nuevas habilidades, unidades y mejoras según vayan colaborando los comandantes para dominar cada misión.