Shadow Warrior 3 cuenta con once capítulos en total más la finalización, que puede considerarse como un capítulo pero es básicamente una escena final. Hablamos de una duración aproximada de entre 20 y 30 minutos por capítulo de un juego que abandona bastantes elementos vistos en la segunda parte de la saga y retoma algunos elementos más clásicos en los FPS, adoptando también algunos otros elementos, mecánicas y velocidad de juego de DOOM (2016) o DOOM ETERNAL (2019). Estos son los nombres de cada uno de los capítulos del juego:
- Dragón de tomo y lomo
- En busca de Motoko
- La cúpula del trueno de Motoko
- La presa esa
- Tiene huevos...
- Estaba a huevo
- Dispositivo del juicio final
- El bosque del viajero
- El vello y la bestia
- Gusanillo de medianoche
- Inspector intestinal
- Despedida