SaGa Emerald Beyond cuenta con 6 personajes jugables cuya historia se puede (o no) entrelazar entre ellos según las decisiones que tomemos como jugadores. En ocasiones veremos como la vida de estos seis personajes tienen puntos comunes mientras exploran los diecisiete mundos diferentes que tendremos a nuestra disposición. Cada uno de estos seis personajes tiene su propia historia y trama, y se irán desarrollando de forma independiente entre sí.
Estos son los seis protagonistas:
Tsunanori Mido
Tsunanori proviene de la respetada familia Mido, cuya línea de sangre utiliza su habilidad única para controlar marionetas kugutsu y realizar toda clase de trabajos peculiares. Se une al Proyecto Catedral, formado por un grupo de exploradores que investigan otros mundos, con el objetivo de reparar la barrera debilitada de su ciudad y ayudar a recuperar la energía espiritual perdida.
Tsunanori es un mago que puede controlar kugutsu, o marionetas animadas, que protegen la barrera alrededor de su ciudad. Viene de una larga estirpe de la importante familia Mido de Miyako City, un mundo lleno de calles tradicionales y antiguas. Su objetivo es restaurar el equilibrio entre los mundos, que se ha roto por una misteriosa fuerza.
Ameya Aisling
Conocida por su seudoidentidad Yumeha Izumi, la estudiante de la ciudad de Miyako, Ameya, en realidad es una bruja de Pulchra cuyos poderes le fueron robados. Ameya espera que al seguir las misteriosas ondas esmeralda, descubrirá quién le robó su maná y se convertirá en la mejor bruja que alguien haya visto.
Ameya es una bruja en prácticas que busca aprender más sobre la magia y el Más Allá. Vive en un mundo donde la magia es común y se usa para todo tipo de fines. Su mentor es un viejo mago llamado Zephyr, que le enseña los secretos de las ondas esmeralda.
Siugnas
Es un vampiro que quiere recuperar su trono de un usurpador que ha desatado el caos. Es el rey de la oscuridad, un título que le otorga un gran poder y una maldición. Su mundo es un lugar oscuro y gótico, donde los vampiros y otras criaturas de la noche reinan. Su rival es un vampiro llamado Alucard, que le arrebató su reino y su amada.
Bonnie Blair y Formina Franklyn
Son policías novatas que investigan un asesinato político que tiene implicaciones interdimensionales. Trabajan en un mundo futurista y tecnológico, donde la ley y el orden son lo más importante. Su jefe es un androide llamado L-7, que les asigna las misiones más peligrosas y extrañas. Su caso las lleva a descubrir una conspiración que amenaza la estabilidad de los mundos.
Diva No. 5
Es una cantante robótica que pierde su voz y su cuerpo original, y tiene que encontrar su identidad y su propósito. Pertenece a un mundo donde la música es la forma de expresión más importante, y donde los robots son tratados como ciudadanos. Su creador es un genio musical llamado Ryo, que le dio la capacidad de cantar con cualquier voz. Su accidente la obliga a viajar por los mundos en busca de una solución.