Aunque parezca obvio en esta clase de juegos, la mayoría de los shoot'em up de desarrollo clásico nos lleva a ir mejorando nuestra nave (avión, vehículo...) para poder acabar con los enemigos que salen a nuestro paso. En R-Type Final 2 veremos esto un pasito más allá, ya que además de mejorar nuestro equipamiento mientras avanzamos por cada fase o nivel, también tendremos que personalizarla antes de empezar a jugar con diferente tipo de equipamiento que nos lleva a tener unas armas iniciales y una potencia de fuego.

Esta personalización nos lleva a mejorar tanto el color de nuestra nave como el tipo de armas y hasta diferentes stickers o vinilos para que luzcan justo como queremos. Una vez en el combate tendremos que ir recogiendo diferentes power-ups o mejoras para ir acabando con los enemigos más fácilmente, o incluso para poder acabar con algunos de ellos.



Además, también los enemigos evolucionarán a medida que avancemos, lo que puede crear una dificultad siempre justa para cualquier tipo de jugador dependiendo del nivel que hayamos seleccionado antes de comenzar cada partida.