My Hero One's Justice 2 cuenta con tres modos de juego que podremos seleccionar en cualquier momento desde el menú inicial:
Modo Historia
El modo Historia es fiel al anime original y se podrá jugar tanto desde el punto de vista de los héroes como desde el de los villanos. ¡Los jugadores podrán experimentar su propia justicia gracias a unos combates espectaculares y a unas secuencias de vídeo increíbles que nos pondrán en situación!
Modo Misiones
En este modo, los jugadores podrán gestionar sus propias agencias de héroes. Al completar misiones, los jugadores serán recompensados con fama y dinero, lo cual les permitirá ampliar sus equipos y reclutar a sus personajes favoritos.
Modo Arcade
Todos los personajes tendrán una serie de combates predefinidos y tendrán diálogos exclusivos.