La historia de
Ground Zeroes y Phantom Pain arranca después de los eventos de
Metal Gear Solid: Peace Walker, en 1974.
Big Boss descubre que
Paz ha sobrevivido, y que está siendo retenida en
Camp Omega para ser interrogada. Intentando liberarla,
Chico es capturado.
Snake consigue salvarlos a ambos infiltrándose, pero al volver al campamento se lo encuentra devastado por
XOF. Además, y mientras es transportada en helicóptero, Paz revela que hay una bomba en su cuerpo que no han conseguido encontrar, y salta del helicóptero, aunque la bomba es detonada en ese momento y la explosión daña el vehículo, dejando a
Snake en coma durante años.
La historia de
The Phantom Pain arranca 9 años después, con
Snake despertando en mitad de un nuevo ataque, ayudado por el misterioso
Ishmael. Nuestro héroe buscará venganza por estos crímenes, y formará los
Diamond Dogs. Además, tendrá que hacer frente a una traición, más pérdidas y enfrentarse a una demoledora arma...