Hay unos cuantos modos que se incluirán en el modo de multijugador del juego que serán: deathmatch, team deathmatch, y rescue que es una especie de captura y defiende, y otros más, pero el más llamativo de todos es el modo de capture de frog (o lo que es lo mismo capturar a la rana), este modo consiste en una vez capturado este curioso anfibio, tendremos que depositarlo en el lugar indicado. Por supuesto el modo multijugador online presentado por Konami ha sido capturar la rana que en realidad es un captura la bandera pero con algunas peculiaridades, aparte del evidente hecho que es una rana lo que capturamos y no una bandera, también estaremos obligados a permanecer un tiempo mínimo para poder depositar la rana en su lugar.
Por supuesto el modo online no tiene mucho que ver con el juego normal, puesto que en este nos basamos fundamentalmente en nuestra capacidad de sigilo para poder ir avanzando en nuestras misiones, pero claro esto es contra enemigos que suelen estar quietos, su capacidad auditiva y de visión no son muy notorias y, para que nos vamos ha engañar, no son muy inteligentes. El problema viene porque aparte de que contrincantes humanos deben ser más inteligentes (en teoría), ellos no sólo no estarán quietos esperando a que le devaneen el cuello, sino que además, tienen la misma capacidad auditiva que nosotros, y pueden ver todo lo que nosotros, por tanto como es evidente la forma de jugar en el modo online tiene que cambiar.
En esta ocasión y por primera vez en la saga de Metal Gear, se ha incluido un modo en tercera persona, y además es el que tendremos que usar para el modo multijugador online, el juego se maneja como cualquier otro juego en tercera persona, el analógico derecho para manejar nuestra vista, con lo que se nos hará mucho más fácil poder detectar a nuestros enemigos.
Aparte de este cambio de perspectiva, el modo multijugador de Subsistence se controla como el modo de un jugador de Snake Ester (Metal Gear Solid 3) , podremos disparar sin tener ningún punto de mira en pantalla, o podremos usar el modo en primera persona para apuntar con mucha más precisión, el uso de un modo u otro dependerá de la situación, ya que cada uno de ellos tiene su lado bueno y su lado malo. El modo de disparo sin punto de mira nos permitirá movernos, aparte de tener un control total del escenario que nos rodea, en contra se nos hará muy difícil apuntar. El modo en primera persona nos permite una puntería milimétrica, sin muchos problemas podremos disparar a la cabeza, en contra no nos podremos mover, ni veremos nada más que lo que tenemos justo enfrente.
La elección de nuestra arma será un apartado importante, cuando comencemos la partida podremos escoger entre un repertorio de armas de distinto tipo (los que ya jugaron a Metal Gear Solid 3 les serán muy familiares), podremos escoger como arma primaria escopetas, ametralladoras, rifles de francotiradores, y unos cuantos rifles de asalto, como arma secundaria tendremos pistolas con silenciador, pistolas de tranquilizantes, y como armas explosivas un surtido de granadas. Cada vez que nos maten podremos cambiar de arma, esto nos permitirá cambiar de estrategias para pillar por sorpresa a nuestros enemigos.
Aparte del uso de todas estas armas también podremos usar los movimientos tradicionales de Snake en las habitaciones cerradas, o donde queramos, es decir podremos usar las pistolas para golpear a nuestros enemigos, y una vez en el suelo tendremos la opción de golpearles todo lo que podamos para quitarles la mayor cantidad de energía posible, aparte de estos golpes también mantendremos nuestra capacidad para rodar por los suelos golpeando a los enemigos, con el pequeño problema de una leve falta de orientación una vez usado este movimiento, pero claro todo esto es recomendable sólo cuando se nos agote el arma o tengamos demasiados enemigos esperándonos fuera de esa habitación.
El modo de captura la rana consiste como ya hemos dicho antes en una captura la bandera pero con ciertos matices, pues bien, para empezar todos tendrán un radar donde verán el mapa, la situación de cada uno de los campamentos, y la situación de la rana. Al comenzar cada uno de los equipos aparecerá en su campamento, y la rana en un punto aleatorio del mapa, para poder ganar además de capturar la rana tendremos que llevarla a nuestro campamento y sobrevivir durante 20 segundos (parece fácil pero puede ser sorprendente la dificultad que tiene superar este tiempo), las tácticas de subterfugio no nos servirán de nada una vez tengamos la rana puesto que tanto compañeros como enemigos sabrán nuestro emplazamiento exacto en cada momento.
Respecto a los mapas, están basados en los escenarios de MGS3 pero pensados para el modo multijugador, donde tendremos muchos puntos en los que nos podremos esconder, las bases son defendibles fácilmente, y podremos realizar emboscadas sin muchos problemas. Podremos encontrar una variedad de mapeados entre ellos comedores, polígonos industriales, selvas,…Además en todos ellos podremos encontrar muchas sorpresas, por ejemplo en uno de ellos para conseguir la ametralladora M63 que no esta disponible en la selección de arma, tendremos que subir al tejado de una casa baja, a través de una escalera oculta detrás de ésta.
