La historia de Mary Skelter 2 gira en base a un manicomio humano inexpugnable llamado "prisión viviente", y que son las mazmorras (o prisiones/cárceles) que encontraremos en el juego. Esta prisión, que repentinamente nació hace varias décadas, estaba controlada por monstruos llamados "Marchens" y seres locos que los llevaron llamados "Pesadillas".
Tsuu y la Sirenita, miembros de una organización llamada "Dawn" cuyo propósito es escapar de esa cárcel, rescatar con éxito a su nueva aliada, Alice, que fue capturada, y un niño llamado Jack, con quien estaba. Tsuu se dirigió a la ciudad con Alice y Jack, pero en medio de eso, el cuerpo de Alice se tiñó en la locura y comenzó a balancear su espada indiscriminadamente.
La espada de Alice atacó a Tsuu, la Sirenita, y a Jack, quien trató de proteger a Tsuu, y los tres cayeron por un acantilado. Ante los ojos de la princesa que se despertó debajo del acantilado estaba Jack, que aparentemente estaba a punto de morir.
Los tres protagonistas principales de esta historai son Tsuu, la sirenita y Jack, y esta es la historia de chicas que hacen correr la sangre y un chico que se convirtió en un Pesadilla en un intento de liberarse del destino.
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