Cuatro son los personajes protagonistas de Lost Sphear que podremos controlar durante el transcurso de la aventura. Adicionalmente, se unirán dos más, por lo que podremos intercambiarlos entre ellos para llevar un grupo de máximo cuatro personajes.
Kanata
Edad: 16
Arma: Espada
El protagonista del juego es
Kanata, un chico de dieciséis años que pelea con una espada. Nació y creció en la aldea lunar de Eru,y se podría decir que es muy maduro para su edad por su personalidad tranquila, aunque sigue teniendo un comportamiento propio de su edad, un espíritu ardiente y de naturaleza honesta. De naturaleza autodidacta, ha trabajado como soldado acabando con los monstruos que ocasionalmente aparecen alrededor de la misma, por lo que está muy entrenado en el combate con la espada. Tras despertarse en su interior el Poder de la Memoria, el Imperio le encarga investigar los misteriosos fenómenos que están haciendo que los lugares alrededor del mundo desaparezcan.
Kanata decidió que si su poder puede ser útil para el mundo, colaborará con el Imperio, a condición de que le ayuden a buscar a su madre, que perdió cuando era niño.
Lumina
Edad: 18
Arma: Cuerpo a cuerpo
La amiga de la infancia de Kanata de 18 años, y una chica que se trasladó a Eru cuando aún era pequeña. Tiene cierta habilidad física, por lo que acompaña a nuestro protagonista como su ayudante de campo, pero también cuenta con ciertas habilidades mágicas. Es una chica educada y apacible y cuando llegó por primera vez a la ciudad, ni reía ni lloraba, pero poco a poco recuperó sus emociones al encontrarse con Kanata. Por esa razón, ella muestra un profundo afecto por él, aunque aún debe descubrir si este afecto es pura amistad o hay algo más entre los dos.
Locke
Edad: 13
Arma: Ballesta
Nombre de sobra conocido por los aficionados a los juegos de rol de Square Enix, Locke resulta ser el amigo de la infancia de Kanata. Tiene 13 años, cuenta con una personalidad muy jovial y alegre, y es muy bueno en la construcción de objetos con las manos que construye una ballesta que usa para acabar con los monstruos. Aunque no lo dice abiertamente, su padre ocupa un alto cargo en el Imperio, y su identidad es secreta. Sin embargo, tiene un complejo en que nunca le conoció, por lo que coopera con el Imperio y decide actuar junto a Kanata, y abandona la ciudad en su búsqueda.
Van
Edad: 20
Arma: Dardos
Un joven de 20 años que de repente aparece en la ciudad lunar de Eru. Parece saber algo sobre el desastre que ocurrió en la ciudad, pero no dice mucho. Mientras actúa de forma fría, en realidad es bondadoso. Utiliza un arma misteriosa llamada "
Bits, que vienen a ser algo así como unas pequeñas dagas controladas mediante magia que son capaces de atacar a los enemigos y defender a su portador, siendo además él el único que puede manejarlas. Van tiene una enorme capacidad de concentración, y esto unido al poder de los bits hacen que tengan una gran capacidad para el combate.
Desde que vio el despertar de Kanata con sus propios ojos, tomó una postura cooperativa y finalmente se dirigirá al Imperio con Kanata y los otros.
Sherra
Sherra es una sacerdotisa procedente del clan de los Twilighters que viven en la montaña de Rahet. Posee la habilidad de comunicarse con los monstruos y su especialidad es la magia curativa. A pesar de su aspecto menudo, es perfectamente capaz de usar un arco tan grande como ella.
Obaro
Obaro volvió al plano de la existencia en el momento que Kanata adquirió el poder de los recuerdos. Su pasado es un misterio, aunque se muestra arrepentido de sus actos. Obaro cree que Kanata es el salvador que cambiará el mundo y que hará que adopte su verdadera forma, razón por la que se une a su grupo.