En la nueva entrega Inazuma Eleven GO Chrono Stones, Arion Sherwind deberá enfrentarse al peor escenario posible: un mundo sin fútbol. Imagina el shock del futbolista cuando descubre que todas las hazañas legendarias conseguidas por el Instituto Raimon de repente son totalmente desconocidas: donde una vez se llenaban estadios de fútbol, ahora solo habían canchas de baseball vacías. Los niños habían sustituido los goles por el baloncesto, la gimnasia, la música o la caligrafía.
En un mundo paralelo en el que el fútbol ha dejado de existir, Arion deberá descubrir qué ha pasado con el deporte rey, enfrentarte con las oscuras intenciones de El Dorado (el nuevo consejo de gobierno mundial), y plantar cara a numerosos villanos para poder devolver al mundo su deporte más preciado.