Flashback 2 es la secuela directa del clásico juego de plataformas y aventuras de 1992 que seguía de cerca algunos juegos de corte similar aparecidos hasta el momento como Prince of Persia, o el título que tomó muchos de sus elementos como referencia, el clásico Another World. Su protagonista, al igual que en esta secuela, es
Conrad B. Hart, un agente especial del siglo XXII que se ve involucrado en una guerra contra los Morphs, una raza alienígena que quiere conquistar el Sistema Solar. En el primer juego, Flashback: The Quest for Identity, Conrad descubre la existencia de los Morphs usando un dispositivo que escanea las moléculas, pero es capturado y le borran la memoria. Escapa de sus captores y se estrella en una jungla, donde empieza su búsqueda de su identidad y de una forma de detener a los Morphs. En esta segunda parte, Conrad busca a su amigo Ian, que ha desaparecido sin dejar rastro. Con la ayuda de sus aliados, como la doctora Phillips y el arma inteligente AISHA, Conrad viaja por diferentes planetas y se infiltra en la base del General Lazarus, el líder de los Morphs. Allí descubre los planes de Lazarus y su conexión con el pasado de Conrad y de Ian.
La historia de Flashback 2 se sitúa en el siglo XXII, cuando los Mundos Unidos se extienden por todo el espacio, pero esta tranquilidad se ve amenazada por la invasión Morph, liderada por el temible General Lazarus. Ahora Conrad tiene que buscar a su amigo Ian, que ha desaparecido misteriosamente, y descubrir los planes del villano y su conexión con el pasado de ambos. Para ello, Conrad contará con la ayuda de sus aliados, como la doctora Phillips, una científica experta en los Morphs, y AISHA, un arma impulsada por inteligencia artificial que le acompaña en su aventura. Juntos, viajarán por diferentes planetas y estaciones espaciales, donde se encontrarán con todo tipo de peligros, desde soldados enemigos hasta criaturas mutantes, pasando por trampas y rompecabezas. Conrad tendrá que usar sus habilidades de combate, sigilo y piratería para superar los obstáculos y enfrentarse a los jefes finales, mientras descubre los secretos de los Morphs y de su propio origen. El juego tendrá varios finales posibles, dependiendo de las decisiones que tome el jugador a lo largo de la historia.
Flashback 2 es un homenaje al primer juego, que fue un éxito de crítica y público por su innovadora jugabilidad y su impresionante apartado gráfico. En esta secuela, se mantienen las mecánicas originales, pero se añaden nuevas opciones y mejoras, como un sistema de diálogos dinámicos, un inventario más amplio y una mayor variedad de escenarios. Además, Flashback 2 tiene un tono divertido e irónico, que contrasta con la seriedad de la trama. Conrad es un personaje carismático y sarcástico, que no pierde el humor ni en las situaciones más difíciles. Sus comentarios y sus interacciones con los demás personajes harán que te rías más de una vez.