La historia de Fire Emblem Fates gira en torno a la guerra sin fin entre dos reinos, el blanco de Hoshido - guiado por la tradición y el pacifismo, con un
look más oriental, - y el negro de Nohr - más guerrero, buscando la luz de la gloria, y con una estética más occidental -, cuyo conflicto llegará a un punto álgido con la figura de un nuevo héroe (o heroína): nosotros.
Así, nuestro protagonista será un niño de la familia real de Hoshido, pero que es creado por la nobleza de Norh. Llegado a un punto de su vida, este chico (o chica) tendrá que elegir su alineación con uno u otro reino, decidiendo el destino del conflicto.
En cuanto a la trama, hasta el capítulo 6 será común, pero a partir de entonces habrá 2 opciones de juego, según nos decantemos... Y una tercera, exclusiva para los que elijan la versión coleccionista.