La trama de Fate/EXTRA gira en torno a un mundo virtual construido en la Luna, y llamado SE.RA.PH. Allí se enfrentan equipos de Maestros y Sirvientes en una batalla desesperada para conseguir el Santo Grial, un artefacto todopoderoso capaz de conceder cualquier deseo...
Los 128 mejores hackers del mundo, todos con las capacidad de acceder a ese mundo como Maestros, han sido seleccionados para participar en la Guerra del Santo Grial.
Así, para hacerse con la victoria tendrán que formalizar contratos con héroes legendarios o figuras famosas de la historia, que serán sus Sirvientes. Materializados como seres virtuales, tendremos acceso a 7 clases distintas de Sirvientes, como Saber o Archer.
¿Serán capaces los Masters de formar un vínculo inquebrantable con sus Servants, y confiarles incluso su alma? Su pasado y sus deseos ocultos entrarán en conflicto en una aventura inolvidable...