Exekiller se desarrolla en un mundo distópico de realidad alternativa con una ambientación a caballo entre el cyberpunk y un oeste retro, donde nuestra "montura" será un vehículo aeropropulsado y donde podremos recorrer un mundo semiabierto (estructura de mundo abierto aunque marcado por zonas por la narrativa y las misiones). La trama del juego se desarrolla en un mundo distópico de realidad alternativa, en el que una humanidad diezmada lucha para hacer frente a los efectos de una catástrofe masiva que destruyó la Tierra, convirtiéndola en un desierto abrasado.
El jugador asume el papel de Denzel Fenix, un cazarrecompensas al servicio de Helion, la omnipresente corporación con sede en una estructura masiva que se eleva sobre las ruinas de Nueva York. En el transcurso del juego, Denzel descubre la verdad sobre sí mismo, y esta revelación lo pone en la mira de varias facciones poderosas. A partir de este punto, comienza un peligroso y difícil juego de supervivencia. Y solo depende del jugador decidir cómo desarrolla Exekiller esta batalla.
Como decimos, el juego se presenta como un entorno semiabierto con muchas ubicaciones más pequeñas con largas distancias entre ellas y peligros ambientales como enemigos inesperados o clima peligroso. El modo de juego está diseñado principalmente en torno al principio de "elección". Sus creadores lo definen como que el jugador nunca está limitado a un camino o solución para cada problema encontrado. Las decisiones que tome el jugador afectarán claramente la actitud de los NPC, los diálogos y los posibles finales, haciendo que cada partida sea única. Por ejemplo, en cada misión el jugador tiene la oportunidad de elegir su camino. Ya sea que el jugador elija salvar vidas o acabar con ellas, engañar u obedecer la ley, saquear el dinero o devolverlo intacto, estas elecciones afectarán su camino hacia el final del juego. Muchos de los efectos de las elecciones de un jugador no serán visibles desde el principio, pero causarán cambios lo suficientemente significativos como para que el jugador deba vigilar sus pasos.
Uno de los elementos más interesantes está en el sistema de progreso del jugador que no está basado en puntos de experiencia ni en subir niveles, sino en las decisiones que hagamos. Iremos encontrando modificadores para nuestras armas o recompensas por misiones y descubrimientos únicos que mojarán nuestro arsenal y nos harán y herramientas en lugar de ir mejorando al propio personaje con un sistema clásico visto en otros RPGs.
