El juego cuenta con una serie de habilidades que nuestro personaje podrá utilizar y evolucionar. La forma en la que iremos ganando estas habilidades e iremos mejorándolas será directamente jugando y usándolas, es decir, para poder utilizar una de ella tendremos que hacer ciertas acciones dentro del juego que nos llevará a ganarlas, así como a mejorarlas cuanto más las usemos.
Cada habilidad está representada por un icono de distinto color con una letra que representará una categoría de habilidad, y además veremos un pequeño número en la parte inferior izquierda del mismo, que representa el nivel de dicha habilidad.
Las cinco categorías de habilidades son:
Ph - Physical (Física)
P - Practical (Práctica)
M - Mental (Mental)
C - Combat (Combate)
S - Special (Especial)
Podremos encontrar distintos tipos de características dentro de estas habilidades. Por ejemplo, dentro de la habilidad física encontraremos la resistencia (Endurance), fuerza (Strength), la vitalidad (Vitality), la salud (Health), la resistencia al estrés (Stress resistance), metabolismo (Metabolism) o la Inmunidad (Immunity).
En la habilidad mental encontraremos la percepción (Perception), Intelecto (Intellect), atención (Attention), Carisma (Charisma) o la memoria (Memory). En el combate encontraremos las distintas armas que tendremos a nuestra disposición como las pistolas (Pistols), revólveres (Revolvers), escopetas (Shotguns), rifles de francotirador (Sniper rifles) o rifles de asalto (Assault rifles) entre otros. También contaremos con la habilidad práctica, que serán
todas aquellas acciones que nuestro agente podrá realizar y que irá mejorando según lo vaya haciendo, como los movimientos de cobertura (Covert movement), la curación médica básica (Basic medical aid), el ir de cuclillas o agachado (Prowling) o los distintos tipos de protección que podremos usar (Light armor y Heavy armor).
Por último contaremos con el tipo de habilidad Especial de la que tendremos tres grupos según la facción a la que nuestro personaje represente: BEAR, USEC o Scavs. Cada una de estas facciones contará con sus propias habilidades especiales, como por ejemplo los "BEAR" (Osos) contará con un sistema de armamento AK (el arma rusa por excelencia...), la munición de gran calibre o las operaciones de asalto. Los USEC usarán un sistema de armamento AR, podrán modificar sus armas totalmente y utilizará la táctica y la negociación como sus herramientas principales.