Inventario de Habilidades (Skill Inventary)
A diferencia de otros juegos de rol, en Mary Skelter Nightmares las nuevas habilidades de los personajes no aparecerán siempre automáticamente. El jugador es el responsable de asignar las habilidades que los personajes podrán utilizar durante las batallas, y sin esas habilidades estaremos perdidos...
Los jugadores también pueden invertir
Cristales Sangrientos (Blood Crystals) (que obtendremos en balla) para incrementar el número de habilidades disponibles,
Chishiki Degeneration (Degeneración)
En la base (Liberation District) los jugadores pueden
bajar niveles a la degeneración que ataca a las chicas, volviéndolas sedientas de combate y sangre- Los jugadores pueden aprovechar para
reforjarlas y así acallar esta oscuridad.
Además, por
curar a las chicas vamos a conseguir bonificaciones que nos harán más fuerte, puntos especiales que podremos utilizar para mejorar sus características o sus habilidades.