La trama gira en torno a los Appli Monsters (Appmon), seres digitales que viven ocultos en nuestros móviles, y como hay uno por cada aplicación, hay centenares por ser descubiertos... Digimon Universe: Appli Monsters se presenta como un juego de rol por turnos que usan habilidades especiales de combate, y que combaten entre sí.