La trama de Digimon Story: Cyber Sleuth nos llega a un futuro alternativo, en el que gracias a un nuevo invento los seres humanos pueden viajar por el
cyberespacio de una forma realmente original, permitiendo que su mente vuele a través de esta realidad.
Nuestro héroe es un joven amante de los Digimon, que mientras está utilizando este invento sufre un terrible percance. Hay una fuerza oscura que está utilizando a los
Digimon como arma, y por su culpa, sufre un ataque al ser tocado por un terrible Digimon tipo virus. Este le roba parte de su alma y de su mente, convirtiéndolo en una especie de
Cyborg
Aquí podemos ver a Kuremi rescatando a nuestro héroe... Kuremi es una
Cyber Detective que sabe que nuestro mundo está bajo asedio, y que pronto van a abrirse las puertas que lo comunican con el
Mundo Digital.