El sistema de combate de Beast of Reincarnation se construye alrededor de dos protagonistas, Emma y Koo, que actúan como un único equipo en cada enfrentamiento. La base del combate combina acción en tiempo real con decisiones tácticas al estilo Final Fantasy VII Remake (o Rebirth), seleccionando acciones para nuestro compañero Koo en un menú en un "tiempo bala", creando un flujo donde cada movimiento del enemigo importa y cada reacción del jugador tiene consecuencias directas.