Atelier Ryza 3: Alchemist of the End & the Secret Key es una secuela directa de Atelier Ryza 2: Lost Legends & the Secret Fairy, y la historia tiene lugar un año después de los eventos del último juego. A diferencia de los primeros dos juegos de la subserie que tenían un tema recurrente de Summer Memories, el tema de este juego es The End. En él vamos a encontrarnos como una serie de islas extrañas comenzan a aparecer en todo el mundo, lo que llevó a Ryza y sus amigos a emprender una aventura final una vez más para investigar. Los extensos paisajes preparan el escenario para esta nueva aventura. La historia también profundiza en la historia de la alquimia y los alquimistas.
Historia anterior
Nuestra protagonista, Ryza, es una chica que vive en la isla Kurken y está ansiosa por tener sus propias aventuras. Un día se escabulle al continente en barco con sus amigos Lent Marslink y Tao Mongarten, donde conocen y se hacen amigos de Klaudia Valentz, la hija de un comerciante. Los cuatro son emboscados por un monstruo y rescatados por el alquimista Empel Vollmer y su guardaespaldas Lila Decyrus. Impresionados con las habilidades de Empel y Lila, Ryza, Tao y Lent convencen al dúo para que los acepte como aprendices. Empel comienza a enseñarle a Ryza los conceptos básicos de la alquimia y ayuda con los estudios de Tao, mientras que Lent comienza el entrenamiento de combate con Lila. A medida que el trío mejora, restauran una cabaña abandonada en el bosque que se convierte en el taller de Ryza y su base de operaciones en el continente. Más tarde, Klaudia se une al grupo en sus aventuras después de obtener la aprobación de su padre.
Angustiado por los logros de Ryza y sus amigos, su amigo de la infancia, Bos Brunnen, conspira para implicar falsamente a Empel y Lila en todos los problemas de la isla, con la ayuda de su padre Moritz, que desconfía de sus investigaciones sobre las ruinas locales y los quiere. alejado. Su plan falla después de que Empel ejecuta un plan para demostrar su inocencia y Bos huye de casa. El grupo persigue a Bos hasta una puerta que conduce a un reino alternativo llamado "Inframundo", donde lo encuentran bajo el cuidado de Kilo, quien, al igual que Lila, es miembro de la raza local Oren que está librando una guerra perdida. contra una poderosa horda de monstruos insectoides conocidos como "Philuscha". En la ocasión, se revela que el suministro de agua local fue robado hace siglos por el antiguo Reino de Klint, lo que permitió a Philuscha devastar la tierra sin ser desafiados, con Empel y Lila viajando juntos para sellar todas las puertas y evitar que atacaran otros reinos. Bos se da cuenta de que el agua está almacenada en un orbe mágico en posesión de su padre y, avergonzado por sus errores y los de su familia, se reforma y se reconcilia con Ryza y los demás, aceptando ayudar al grupo.
De regreso a su mundo, Ryza y sus amigos descubren que el Reino de Klint fue destruido por una invasión de Philuscha y los sobrevivientes se refugiaron en la isla Kurken, que en realidad es una estructura hecha por el hombre, lo que los convierte en sus descendientes. También se enteran de que la isla está en peligro porque la maquinaria que la mantiene a flote está fallando por falta de mantenimiento. Después de hacer algunas reparaciones de emergencia en la isla, el grupo regresa al Inframundo para detener otra invasión de Philuscha, y lo logra después de derrotar a su líder, la Reina Devastadora. Ryza usa la piedra mágica extraída del cuerpo de Ravaging Queen para terminar las reparaciones de la isla y Bos destruye el orbe para devolver el agua robada y ahuyentar al resto del enjambre Philuscha. El grupo celebra su victoria en el taller de Ryza antes de tomar caminos separados. Lent se convierte en un caballero andante, Tao y Bos se van a estudiar a la capital, Klaudia continúa viajando con su padre mientras Empel y Lila reanudan su búsqueda para sellar las puertas del inframundo, y Ryza se queda en la isla para hacer los preparativos para algún día. haciendo su propio viaje sola.