Al igual que ocurre en su primera parte,
Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout, el sistema de combate de esta segunda parte es una mezcla de un sistema de combate por turnos con algunos elementos que lo hacen dinámico como la barra de turnos en movimiento. Si no habéis jugado deciros que en Atelier Ryza 2: Lost Legends & the Secret Fairy controlaremos a nuestro grupo por turnos cuando nos encontremos con algunos enemigos, aunque estos turnos están reflejados en una barra visible en todo momento (abajo derecha de la pantalla) y que no para de moverse con el tiempo, por lo que no podremos pensar detenidamente los movimientos. También tendremos acciones en tiempo real cuando le toque a nuestro personaje en el ataque así como poder defendernos en tiempo real cuando el enemigo nos ataque a algunos de los personajes. Tendremos que cambiar entre personajes para poder realizar las acciones cuando sea su turno (L2 y R2 para rotar entre ellos).
También tenemos a nuestro favor la técnica de
Acciones Rápidas (AC), es decir, movimientos que podemos utilizar fuera de turnos y para los que se utilizan los
Puntos de Acción (PA, en el juego en inglés AP, sobre el retrato de cada personaje) del jugador que se comparten entre todos los miembros del equipo, por lo que es extremadamente importante utilizarlos estratégicamente en batalla para obtener ventaja. A medida que el medidor de Puntos de Acción se llena con el tiempo, los jugadores también aumentarán su nivel en batalla conocido como
Nivel Táctico (T-Lv). En esta segunda parte, los Puntos de Acción también se pueden llenar realizando otras acciones, como por ejemplo, bloquear un ataque enemigo con buena sincronización cuando tengan ellos el turno.
Durante el combate, nuestros personajes realizarán ataques según nuestras órdenes, y en medio del combate nuestros personajes nos harán sugerencias para hacer estrategias según sea el enemigo, y estas sugerencias se denominan
Órdenes de acción, y si las llevamos a cabo se activará una habilidad poderosa llamada "
Habilidad de orden". Si tenemos suficientes Puntos de Acción acumulados podremos usar múltiples habilidades de orden creando una
cadena de habilidad que potenciará su efecto (en pantalla lo veremos como "
Chain" o "Cadena"). Nuestro indicador se acumula a medida que usemos las habilidades y, cuando supere un cierto valor, nuestro nivel de táctica (T-Lv) aumentará, lo que nos permite usar las habilidades libremente sin consumir AP por T-Lv. (En el primero teníamos que usar AP o subir de nivel tu T-Lv para usar habilidades). Cuando el nivel del personaje alcanza un cierto nivel y su T-Lv alcanza su máximo, podemos activar un movimiento especial llamado "Fatal Drive".
Otro elemento a tener en cuenta está en la denominada
Carga de Núcleo, que se representa en el juego con "CC" por
Core Charge y cuyo nivel aparece indicado en combate al lado de los AP. Básicamente, los objetos del juego se usan si tenemos nivel de objeto necesario, y éste es el nivel que tienen nuestros personajes para equipar y usar estos objetos denominados
Objetos de núcleo, ya que cada objeto necesita de un nivel de carga para ser equipado y usado. Para aumentar nuestro CC deberemos ir usando habilidades en el combate, lo que nos permite usar diferentes objetos en cada turno hasta un máximo de cuatro. También contamos con un movimiento especial llamado "
Core Drive, que podemos activar usando elementos.