AI-Limit nos sitúa en un futuro lejano, después de que un cataclismo destruyera la civilización humana. El mundo está cubierto por una sustancia misteriosa llamada Barro, que corrompe todo lo que toca y crea monstruos horribles. Los únicos supervivientes son los Bladers, unos bio-androides creados con una tecnología desconocida, que poseen la capacidad de regenerarse gracias a unas ramas de cristal que crecen en sus cuerpos. El juego se centra en la historia de Alisa, una Blader que despierta en las ruinas de Haven's Well, la última ciudad de la humanidad. Alisa no recuerda nada de su pasado, ni de su familia, ni de su propósito. Solo sabe que debe explorar la ciudad y encontrar la verdad sobre el apocalipsis y la esperanza de un nuevo mundo. En su aventura, se encontrará con otros personajes, algunos amigos y otros enemigos, que le ayudarán o le obstaculizarán en su búsqueda.
El Barro es una sustancia misteriosa que ha invadido el mundo de AI-LIMIT, y que es el responsable del apocalipsis que destruyó la civilización humana, y también de la creación de los monstruos que amenazan a los supervivientes. El Barro afecta al mundo del juego de varias formas:
- El Barro corrompe todo lo que toca, transformando los objetos, las plantas y los animales en formas grotescas y peligrosas. El jugador debe tener cuidado de no entrar en contacto con el Barro, ya que puede dañar su salud y su cordura.
- El Barro también afecta al clima y al terreno, creando fenómenos naturales extraños y hostiles, como tormentas, terremotos o erupciones. El jugador debe adaptarse a estos cambios y buscar refugio cuando sea necesario.
- El Barro es la fuente de poder de los Bladers, los bio-androides como Alisa, la protagonista del juego. Los Bladers pueden usar el chakra, la energía vital que fluye por sus cuerpos, para lanzar hechizos basados en las seis naturalezas: fuego, viento, rayo, tierra, agua y yang². Sin embargo, el uso excesivo del chakra puede provocar efectos secundarios indeseados, como alucinaciones, adicción o locura.
La trama de AI-LIMIT se va desarrollando a medida que el jugador avanza por los cinco actos del juego, cada uno con su propia ambientación, historia y desafíos. El jugador debe resolver puzzles, combatir contra los monstruos del Barro y descubrir los secretos de Haven's Well y de Alisa. El juego también ofrece un modo de juego libre, donde el jugador puede seguir explorando el mundo y completando misiones secundarias después de terminar la campaña principal.